De kassen van het huidige orgel, opgesierd met prachtig, geheel verguld renaissance snijwerk, dateren uit 1557 en omvatten toen een instrument, dat hoogstwaarschijnlijk gebouwd werd door Hendrik Niehoff en zijn zoon Nicolaas uit ’s Hertogenbosch. In 1891 rukte een zware storm het dak van het tegen de west-muur aangebouw de orgelhuis, waardoor de daarin ondergebrachte balgen onbruikbaar werden en het orgel onbespeelbaar werd. In 1892 werd het orgel wegens de monumentale waarde van de kas gekocht door het Rijksmuseum te Amsterdam om het te behoeden voor de ondergang. Kas en frontpijpen bleven behouden maar het binnenwerk ging verloren. In 1901 keerde de kas al weer terug naar Brouwershaven, in bruikleen afgestaan door het Rijksmuseum. Orgelbouwer Maarschalkerweerd installeerde toen in de hoofdwerkkas een pneumatisch instrument met tien stemmen op twee manualen en vrij pedaal. Dit orgel werd na de ramp van 1953 afgekeurd. Dankzij een gift uit het Rampenfonds bouwden de gebroeders Van Vulpen te Utrecht in 1968 een nieuw instrument in het Hoofdwerk waarbij de kassen na een grondige restauratie weer eigendom werden van de hervormde gemeente. De gift uit het Rampenfonds was niet toereikend voor een nieuw Rugwerk, maar in 1980 kon dit alsnog in de oude kas worden gebouwd, eveneens door Van Vulpen.
De frontpijpen in de middentoren en in de buitenste zijvelden van het hoofdwerk (de huidige Prestant 16’) dateren nog uit 1557. De overige frontpijpen, ook die in het Rugwerk, zijn van latere datum. Het binnenwerk (het overige pijpwerk, de mechaniek en de windvoorziening) is van Van Vulpen. De C-E evenals de Fis en Gis van de Prestant 16’ zijn nieuw en van hout, maar de C-E zijn gedekt en de Fis en de Gis open. Vanaf F, G en A staat deze Prestant (oorspronkelijk 12’ met een kort Groot Octaaf) in het front.
De C-Fis van de Prestant 8’ in het Rugwerk zijn gecombineerd met de Holpijp 8’. De Sesquialter loopt vanaf C en repeteert bij c1.
Plaats van de klavieren: in de onderkas van het Hoofdwerk
Tractuur: mechanische sleepladen
Stemming: gelijkzwevend
Dispositie:
| HOOFDWERK (C-f3) | RUGWERK (C-f3) | PEDAAL (C-d1) |
| Prestant 16′ | Prestant 8′ | aangehangen |
| Octaaf 8′ | Holpijp 8′ | |
| Roerfluit 8′ | Octaaf 4′ | |
| Octaaf 4′ | Roerfluit 4′ | |
| Spitsfluit 4′ | Octaaf 2′ | |
| Quint 3′ | Woudfluit 2′ | |
| Octaaf 2′ | Sesquialter 2 st. | |
| Mixtuur 1 1/3’ 5-6 st. | Scherp 1’ 4 st. | |
| Scherp 2/3’ 4 st. | Vox Humana 8′ | |
| Trompet 8′ | Tremulant |
Koppels:
Hoofdwerk + Rugwerk
Pedaal + Hoofdwerk
Pedaal + Rugwerk